Sul New York crollata minaccia reale in forma di un potente trituratore. Egli cercherà di conquistare la città in pochi minuti, ma bisogna fermarlo con mutant ninja turtles. Questi ragazzi coraggiosi sono pronti per eventuali difficoltà per salvare la sua città natale dalla follia. Ognuno dei personaggi avrà la propria missione e lo scopo, qualcuno deve preparare una pozione per distruggere qualcuno mutante di abbattere lanciamissili, e qualcuno per sconfiggere il nemico in corpo a corpo. Tutte le tartarughe saranno solo tre tentativi, se si perde, la città sarebbe caduta.