Batman ha abbastanza nemici, come ogni supereroe e tutti i nemici come la raccolta: Joker, Bane, Clay, Two-faced, Penguin, Scarecrow e questo non è l'intera lista. Alcuni sostituiscono gli altri, tornano e scompaiono. L'eroe non deve essere annoiato e nel gioco Batman Shadow Combat si riprende a rintracciare i cattivi e svolgere importanti missioni per salvare Gotem. Il caso avrà luogo nelle catacombe sotterranee della città, dove le comunicazioni sono concentrate. Qui piace nascondere i cattivi e l'eroe deve essere costantemente in guardia. Per nascondersi dal nemico e attaccare da dietro inaspettatamente, usa la nuova abilità Batman - la capacità di diventare un'ombra.