I residenti di Bikini Botom in completa disperazione, il loro caffè preferito, un luogo di ritrovo e una fonte di deliziosi crabsburgers sono scomparsi. Il malvagio Plankton alla fine ha soddisfatto la sua minaccia di lunga data e ha preso il ristorante. Ha raccolto un enorme robot e ha spostato l'intero edificio in un posto segreto. Sponge Bob non si ritirerà, tutti gli abitanti della laguna contano sull'eroe e spera nel gioco Spongebob Run. Aiuta il personaggio a correre nella tana malvagia, gli amici lo aiuteranno a cambiare il look, in modo che sia più facile far fronte ai numerosi piccoli robot che corrono e cercano di prevenire. Raccogli gusci rotondi per superare il livello.