Oggi il famoso distaccamento Ji Ai Joe deve fare molto e siamo nel gioco G. I. JOE: Pursuit Of Cobra li aiuterà in questo. All'inizio del gioco dovrai scegliere la tua prima missione. Puoi andare a nord o nella giungla della giungla. In ogni missione dovrai trovare la base dei terroristi e distruggerla. Intorno alla base verranno allestite squadre di sicurezza con le quali entrerai in battaglia. Dovrai distruggerli con le tue armi da fuoco ed esplosivi. Dopo aver ucciso i nemici, raccogli armi e munizioni che ti aiuteranno nell'operazione.