Vicino a un piccolo villaggio situato in Giappone, sono comparsi i morti viventi. Vagano per l'insediamento di notte e depredano le persone. Il coraggioso guerriero ninja Kyoto ricevette dall'imperatore l'ordine di distruggere gli zombi. Tu nel gioco Ninja Versus Zombie aiuterai il ninja in questo. Davanti a te sullo schermo ci sarà un'area in cui si troverà il tuo personaggio. Usando i tasti di controllo dirigerai le azioni del ninja. Dovrà correre in avanti attraverso il terreno e guardarsi intorno attentamente. Lungo la strada, potrà raccogliere monete d'oro e altri oggetti sparsi per il luogo. Non appena incontri uno zombi, attaccalo. Usando varie armi dell'arsenale ninja, distruggerai gli zombi nel gioco Ninja Versus Zombie e otterrai punti per questo.