Scoppiò una guerra nel regno marino tra i due pretendenti al trono. Nel corso delle ostilità, entrambe le parti utilizzano distaccamenti appositamente addestrati di pesci combattenti. Nel gioco BattleFish, ti unirai a una delle parti e comanderai una delle squadre di pesci. Una certa posizione situata sott'acqua sarà visibile sullo schermo di fronte a te. Da un lato ci sarà il tuo pesce combattente e dall'altro il nemico. In fondo ci sarà un pannello di controllo speciale con icone. Con il loro aiuto, dirigerai le azioni della tua squadra. Dovrai esaminare attentamente il pesce nemico e scegliere il tuo bersaglio per attaccarlo. I tuoi pesci colpiranno insieme e distruggeranno il nemico. Per questo riceverai punti.