Viaggiando per il mondo, Naruto cadde accidentalmente in un portale che lo portò nel mondo delle ombre. Ora il nostro eroe dovrà trovare la strada di casa. Tu nel gioco Naruto Shadow Adventures lo aiuterai in questo. Usando i tasti di controllo, costringerai l'eroe ad avanzare nell'area. Lungo la strada, supererà vari ostacoli e trappole. Ovunque ci saranno monete sparse e altri oggetti che il tuo eroe dovrà raccogliere. Se incontri gli abitanti di questo mondo, ombra stickmen, dovrai combatterli. Controllando le azioni di Naruto, colpirai il nemico. Distruggendo i nemici otterrai punti e raccoglierai i trofei che ne cadranno.