Nella seconda parte del gioco Ninja Hands 2, continuerai ad aiutare la tua guerra ninja a combattere contro vari avversari che vogliono ucciderlo. Il tuo combattente sarà visibile sullo schermo di fronte a te, che si troverà in una determinata posizione. Il nemico sarà a una certa distanza da lui. Nell'angolo in basso a destra ci sarà un pannello speciale con icone. Facendo clic su di essi, puoi costringere l'eroe a eseguire determinate azioni. Dovrai attaccare il tuo avversario e usare le tue abilità di combattimento per distruggere il nemico. Per questo, ti verranno assegnati punti nel gioco Ninja Hands 2.