Qualsiasi tipo di attività richiede professionalità, ma in alcune professioni è necessario osservare anche alcuni aspetti morali, e questo vale in particolare per vari sviluppi scientifici che possono danneggiare le persone. L'eroe del gioco Secret Lab Chronicles, il professor Benjamin, ha ricevuto un'offerta allettante per lavorare in un laboratorio privato su alcuni esperimenti segreti. Decise di essere d'accordo, ma quando iniziò a lavorare, si rese conto che se gli esperimenti avessero avuto successo, l'umanità avrebbe dovuto affrontare un'altra minaccia derivante dall'emergere di un'arma che non poteva essere paragonata a nessuna di quelle esistenti. L'eroe vuole smascherare tutti coloro che si celano dietro la creazione e il funzionamento del laboratorio, ma ha bisogno di prove e tu devi raccoglierle in Secret Lab Chronicles.