Il professore pazzo Thomas sta di nuovo conducendo esperimenti nel suo laboratorio segreto. Un tentativo infruttuoso di mescolare sostanze chimiche diverse provocò un'esplosione e palline piene di gas velenoso apparvero nell'aria. A poco a poco riempiono la stanza. Nel gioco il Professor Bubble Shooter dovrà aiutare lo scienziato a liberarsene. Per questo, il nostro eroe utilizzerà un cannone speciale che sparerà singole cariche. Dovrai trovare un gruppo di bolle dello stesso colore e rilasciare una carica esattamente dello stesso colore attraverso di esse. Quindi, li distruggerai e otterrai punti per questo.