Le persone primitive vivevano in grotte, contrabbandieri e pirati nascondevano i loro tesori in essi, in generale, in ogni momento le grotte venivano usate per scopi diversi. Da ciò segue che gli archeologi hanno qualcosa da guardare nelle grotte e negli eroi del gioco Enigma preistorico: Kevin ed Emily hanno deciso di concentrarsi su questo. Insieme a loro, andrai a esplorare le grotte e rimarrai sorpreso da quanti diversi oggetti antichi sarai in grado di trovare. Inoltre, dovrai occuparti di fornire gruppi di archeologi le attrezzature e gli strumenti necessari nell'enigma preistorico.