Per vincere il gioco Behind Enemy Lines sarà bisogno di distruggere tutti i nemici che stanno attaccando il vostro pianeta. Per combatterli si gestire una navicella spaziale potente, in grado di far fronte a un sacco di veicoli nemici. Basta ucciderli tutti, e insieme con il boss finale, è salvare il loro pianeta dalla distruzione.