Gli alieni di un mondo parallelo hanno invaso uno dei pianeti nel mondo dei pixel. Compaiono dal portale situato nell'aria e iniziano a formare le formazioni di battaglia. Le forze aeree del pianeta erano allarmate. Tu nel gioco Pixel War servirà come pilota da combattimento. Devi volare sulla tua nave per incontrare il nemico e unirti alla battaglia. Manovrando abilmente sulla nave, sparerai dalle tue armi e distruggi tutti i rivali. Più li uccidi, più punti ottieni.