Ben 10 non è estraneo all'arrivo di un altro gruppo di alieni che vogliono diffamare i terrestri. Ma questa volta in Ben 10 Omnitrix Shadow, le cose sono diventate molto più serie. Gli alieni erano guidati da un cavaliere in armatura nera, ha lanciato un flusso di energia in Ben, infettando il ragazzo con energia oscura. Quindi gli intrusi se ne andarono rapidamente. Nell'eroe si è insediato un virus oscuro, che nel tempo lo trasformerà in un mostro malvagio, come tutti quelli che si trovano nell'onnitrix. Per risolvere la situazione e sbarazzarsi del virus, è necessario trovare i tre cattivi e distruggerli. Aiuta il personaggio a diventare di nuovo se stesso e impedire la trasformazione.