Nel nuovo gioco Running Ninja, andrai nell'antico Giappone per aiutare il coraggioso guerriero ninja a inviare un messaggio all'imperatore dal maestro del suo ordine. Il tuo personaggio correrà il più velocemente possibile su un determinato percorso. Sulla strada che segue il tuo personaggio incontrerà vari ostacoli e trappole. Dovrai usare i tasti di controllo per far saltare il tuo eroe e volare attraverso tutti questi pericoli. Se incontra dei nemici, sarà in grado di distruggerli con l'aiuto delle sue armi da lancio.
