Difendendo la Terra dall'invasione aliena, Ben in qualche modo non ha pensato al ruolo dei servizi di intelligence statali e non si sono assopiti. Il ragazzo era entrato da tempo nel loro campo visivo e avevano un piano per reclutare l'eroe. Tuttavia, il ragazzo non è interessato e non ne ha bisogno. Inoltre, l'Omnitrix non può essere trasmesso a nessuno, funziona solo con il DNA di Ben. Ma i servizi segreti non vogliono sapere nulla, intendono prendere Ben, rinchiuderlo e costringerlo a lavorare per loro. Questo non può essere permesso e aiuterai l'eroe nel gioco Mr Ben 10 a evitare la cattura. L'eroe dovrà prendere le armi per eliminare tutti gli agenti che cercano di afferrare il ragazzo. La pistola che apparirà nelle mani del ragazzo è insolita. Con un solo proiettile, sarà in grado di piazzarne diversi contemporaneamente nel Mr Ben 10.
