L'agente segreto, nome in codice #46, dovrà compiere oggi una serie di missioni in giro per il mondo. Tu nel gioco Super Spy Agent 46 lo aiuterai in questo. Scegliendo una missione, ti ritroverai in una determinata area. Usando i tasti di controllo, farai avanzare il tuo eroe. Guardati intorno con attenzione. Non appena noti il nemico, punta la tua arma su di lui e catturalo nel mirino. Quando sei pronto, apri il fuoco per uccidere. Sparando con precisione, ucciderai i nemici. Per questo ti verranno dati dei punti. Dopo la morte di un nemico, i trofei possono cadere da lui. Dovrai raccogliere questi oggetti. Aiuteranno il tuo eroe a sopravvivere e vincere ulteriori battaglie.