Il gioco Alien Quarantine si svolge sul territorio di un laboratorio segreto dove vengono condotti esperimenti su creature aliene catturate. Uno degli alieni riuscì a liberarsi, liberò gli altri e nel laboratorio iniziò il vero caos. L'eroe del gioco Alien Quarantine viene inviato in ricognizione, ma deve affrontare un pericoloso nemico. Deve ripristinare il sistema di sicurezza per impedire ai mostri di irrompere in altri settori. Per fare ciò, devi attivare diversi dispositivi, muoverti e sparare, schivando gli attacchi alieni.
