Nell'antico Giappone, c'era una guerra costante tra due caste di guerrieri: samurai e ninja. Tu nel gioco Ninja Runner combatterai dalla parte dell'Ordine dei Ninja. Il tuo personaggio ha ricevuto un ordine dal capo dell'ordine per condurre una ricognizione in una foresta, dove i distaccamenti samurai possono nascondersi. Il tuo eroe si gettò coraggiosamente nella foresta e corse lungo il sentiero. Molti pericoli e trappole lo attendono per la sua strada. Il controllo del tuo personaggio dovrà farlo saltare e non cadere in queste trappole. Se incontri soldati nemici, dovrai distruggerli tutti con l'aiuto di una spada. Raccogli solo i vari oggetti che cadono sul suo cammino.
