Nel gioco Jump Box Ninja, entreremo nel mondo dove vivono le persone della scatola. Anche in questo mondo c'è una casta di guerrieri ninja, faremo conoscenza con uno di loro. Questo guerriero attraverserà oggi un percorso a ostacoli mortali per diventare un maestro di arti marziali. Vedrai il tuo eroe sullo schermo. Da diverse parti saltano fuori lance affilate, che quando vengono colpite nel nostro personaggio lo uccidono. Dovrai indovinare abilmente il momento e far saltare il personaggio. Quindi sorvolerà un territorio pericoloso e proseguirai.