Jerry deve costantemente scappare dal gatto di Tom, e questo è il significato di tutte le vignette con la partecipazione di questi personaggi. Tom e Jerry Run Jerry non sarà un'eccezione, ma il mouse ha un potente alleato nel giocatore che lo aiuterà a fuggire dal gatto. La vita di Jerry dipenderà interamente dalla tua abilità di gestione. Clicca sul piccolo corridore in modo che abbia il tempo di saltare oltre numerosi ostacoli: vuoti tra gli scaffali, piatti e trappole per topi. Se l'eroe inciampa un paio di volte, Tom inizierà rapidamente a camminare sui talloni, e poi catturerà il povero ragazzo.
