In un lontano futuro, gli scienziati hanno sviluppato una speciale nave in miniatura con la quale è stato possibile distruggere vari tipi di virus. Tu nel gioco Virus Hunter lo controllerai. Davanti a te sullo schermo vedrai il corpo umano all'interno del quale verrà posizionata questa unità. Volerà in avanti gradualmente guadagnando velocità. Sulla sua strada sorgeranno vari batteri. Dovrai sparare con precisione da strumenti speciali per cadere in questi batteri e quindi distruggerli.