La bambina Mary ha deciso di visitare i suoi lontani parenti. Alzandosi presto la mattina e vestendosi, partì per un viaggio. In Mary Run, la aiuterai in questa avventura. Di fronte a te sullo schermo vedrai la strada lungo la quale la tua ragazza correrà prendendo gradualmente velocità. Lungo il percorso incontrerai una varietà di trappole e ostacoli. Dovrai usare i tasti di controllo per costringere la ragazza a compiere determinate azioni. La tua ragazza dovrà saltare le trappole sulla strada. Se c'è un ostacolo sul suo cammino, la ragazza può arrampicarsi su di esso. Varie monete e altri oggetti saranno posizionati lungo la strada. Dovrai fare in modo che la ragazza li raccolga tutti.
