L'allegro e coraggioso idraulico Super Mario oggi ha deciso di aiutare il re e salvare la principessa che è stata rapita dal mago oscuro. In Super Mario Advance dovrai aiutarlo in questo. Il tuo personaggio sarà visibile sullo schermo di fronte a te, che si troverà in una determinata posizione. Usando i tasti di controllo, lo farai correre in avanti e raccogliere vari oggetti e monete d'oro sparsi dappertutto. Lungo la strada incontrerai buche nel terreno e trappole di vario genere, che Mario, sotto la tua guida, dovrà scavalcare. Incontrerai anche vari mostri. Il tuo eroe può ucciderli se salta sulle loro teste. Per aver ucciso ogni mostro, ti verranno dati dei punti.