Le battaglie stagionali iniziano in Naruto Free Fight: Stagione 2. Entrano in battaglia: Naruto Uzumaki, Sasuke Uchiha e Kakashi. Scegli un eroe che aiuterai a sconfiggere i rivali e verrai trasferito nel luogo in cui inizierà direttamente la battaglia. Diversi nemici attaccheranno il tuo personaggio contemporaneamente. Verranno uno alla volta, poi in gruppi. Con l'aiuto dei tasti ZX devi costringere il combattente a respingere gli attacchi, ed è meglio attaccare te stesso e andare avanti, raccogliendo bonus e superando i livelli. Colpisci i tuoi avversari con pugni e calci precisi. Usa le tue abilità speciali solo in casi estremi, quando ci saranno troppi nemici in Naruto Free Fight: Stagione 2.
