Nel Regno dei Funghi, di nuovo guai, creature sconosciute con maschere e abiti hanno invaso la terra, e queste non sono persone, ma apparentemente robot che si oppongono a tutti gli esseri viventi. Sono ben armati e le armi non sono di origine terrestre. Ma anche il nostro eroe Mario non manca in Super Mario Mission Impossible. Sta brandendo un potente blaster che spara un raggio laser mortale per distruggere sicuramente nemici insoliti. Ma c'è solo un idraulico e ci sono molti robot, quindi corri in suo aiuto e distruggi tutti quelli che lo incontrano sulla sua strada. L'eroe si muoverà costantemente ed è importante non lasciare che il nemico si avvicini troppo in Super Mario Mission Impossible.