I pirati hanno preso tutti e anche i ninja hanno perso la pazienza e hanno deciso di punire i presuntuosi rapinatori di mare. Una squadra di ninja tende un'imboscata su una delle isole dove i pirati cercano periodicamente di nascondere i loro tesori rubati. Nel gioco Angry Ninja aiuterai i ninja a distruggere i pirati. I cattivi cercheranno di costruire fortificazioni e nascondersi dietro di loro, ma i tuoi colpi precisi spazzeranno via tutto sul loro cammino. Il gioco Angry Ninja è realizzato nello stile di Angry Birds, ma invece di loro e dei maiali, personaggi completamente diversi. I ninja stessi diventeranno proiettili e li lancerai contro i pirati che si sono nascosti dietro vari tipi di raggi in Angry Ninja.