Il ninja decise di sgranchirsi le gambe e correre per la città raccogliendo monete. Nel gioco Ninja Runner incontrerai un eroe e lo aiuterai a organizzare il parkour cittadino. Non ci sono altezze insormontabili per l'eroe, puoi fare clic sul ragazzo più volte e salterà su qualsiasi vetta: una piattaforma, una torre e un'altra vetta. Dopo aver attraversato il livello, puoi passare a un altro, ma fai attenzione, nei nuovi livelli ci saranno ulteriori ostacoli sotto forma di punte acuminate su cui non devi saltare per non perdere cuori di vita. Ci sono ostacoli sempre più acuti, il che significa che dovrai essere molto veloce e agile per salvare i ninja dalla perdita di vite in Ninja Runner.