Il famoso personaggio dei cartoni animati, il salvatore dell'umanità, il dieci anni Ben Tennyson ha un vantaggio rispetto agli altri terrestri in quanto può utilizzare uno speciale orologio di origine aliena, che può trasformarlo in vari rappresentanti di altri pianeti. Ma nel gioco Ben 10 Run non ci saranno trasformazioni, l'eroe farà affidamento sulla propria forza e resistenza. Dovrà correre attraverso un'area desertica aperta, saltando vari ostacoli. Il motivo della sua fuga è la scomparsa di sua cugina Gwen. Devi fare tutto velocemente senza perdere tempo, quindi devi aiutare l'eroe a saltare gli ostacoli e raccogliere i cristalli in Ben 10 Run.