Nella seconda parte del gioco Vega Mix 2: Mystery Of Island, tu e un gruppo di scienziati continuerete a esplorare l'isola misteriosa che hanno scoperto. Girovagando per l'isola dovrai risolvere vari enigmi della categoria di tre di fila. Di fronte a te sullo schermo vedrai il campo di gioco, che sarà diviso in celle all'interno. Tutti saranno riempiti con vari oggetti. Il tuo compito è esaminare attentamente tutto e trovare gli oggetti identici nelle vicinanze. Di questi, spostando un oggetto di una cella in qualsiasi direzione, dovrai impostare una riga di almeno tre oggetti. Pertanto, prenderai questi oggetti dal campo di gioco e per questo ti verranno assegnati punti nel gioco Vega Mix 2: Mystery Of Island.