Nella seconda parte del gioco Pandemic 2, continuerai la tua missione per distruggere tutta l'umanità sotto forma di una pandemia mortale. Il gioco inizia con la scelta del tipo di malattia: virus, batteri o parassiti. Sceglierai quindi un punto di partenza per la tua infezione. Da lì dovrai diffondere la tua malattia nel resto del mondo. Diffondendoti nel mondo, puoi migliorare la tua malattia e fare in modo che le persone non ne soffrano. Modifica costantemente il tuo virus in modo che l'umanità non possa trovare una cura per esso. Quindi gradualmente distruggerai l'intera popolazione del pianeta nel gioco Pandemic 2
