Maghi di vari livelli, stregoni, maghi e persino streghe usano speciali sfere magiche in cui vedono il futuro o il passato. Ogni sfera può svolgere una funzione specifica. Inoltre, le sfere sono disponibili in diversi livelli e persino dimensioni. Il gioco 3D Balls: Merge ti invita a visitare il luogo in cui si formano le sfere magiche, questo luogo è accessibile solo agli alti maghi e ora a te. Le palline cadranno al tuo comando in modo da assicurarti che due palline identiche si scontrino. Di conseguenza, si verificherà una fusione e in 3D Balls: Merge apparirà una sfera di diametro maggiore e di livello superiore.
