Nella seconda parte del gioco Attack of Alien Mutants 2 tu nelle forze speciali combatterai per una delle principali città situate in America. La guerra dei mostri mutanti è stata in grado di catturare la città e ora caccia le persone lì. Il tuo distaccamento ha ricevuto un ordine per liberare le strade della città dai mostri. Dopo essere atterrato dall'elicottero, il tuo eroe e la sua squadra inizieranno a muoversi per la città. Spostando brevi tratti devi tracciare tutto ciò che accade intorno e cercare il nemico. Non appena lo vedi, inizia a sparare dalla tua arma e uccidili. Cerca di raccogliere munizioni e kit di pronto soccorso. Ti aiuteranno a sopravvivere in battaglia.
