Nell'antico Giappone, c'erano templi speciali in cui preparavano guerre come il ninja. Nel gioco Ninja Runs 3d vai in uno di questi e aiuti un ninja a svolgere vari tipi di allenamento. Oggi il tuo eroe dovrà correre lungo un percorso ad ostacoli appositamente costruito insieme ad altri ninja e arrivare prima al traguardo. Gestirai le sue azioni. Devi saltare molti ostacoli, superare vari ostacoli ed eseguire molte altre azioni che aiuteranno il tuo ninja a vincere la competizione.
