Il coraggioso ninja Kyoto ricevette l'incarico dal capo del suo ordine di penetrare nella tenuta custodita di un aristocratico e rubare documenti segreti da lì. Tu nel gioco Endless Ninja lo aiuterai a completare questa missione. Il tuo personaggio si muoverà sulla strada guadagnando gradualmente velocità. Sulla sua strada incontreranno vari tipi di trappole. Il tuo eroe che si avvicina a loro dovrà fare dei salti sotto la tua guida. Quindi, volerà attraverso l'aria attraverso questi pericolosi tratti della strada. A volte ti imbatterai in vari tipi di oggetti e monete sparsi ovunque. Dovrai provare a collezionarli tutti.