Tutti gli organismi nel mondo sono suscettibili a vari virus mortali. In un lontano futuro, gli scienziati hanno sviluppato robot microscopici che sono in grado di essere nel corpo e di distruggere i batteri nocivi. Nel gioco Gunwyrm controllerai uno di questi robot. Di fronte a te sullo schermo vedrai il campo di gioco su cui si muoverà il robot sotto il tuo controllo. Devi cercare vari virus. Non appena li noti, dovrai aprire il fuoco su di loro dall'arma montata sul robot. Sparando con precisione, distruggerai i batteri e otterrai un certo numero di punti per questo. Ti spareranno anche grumi di energia. Controllando abilmente il robot dovrai schivare queste cariche.