Una creatura di nome Pixelmon vive nel mondo di Minecraft. In qualche modo il nostro eroe è andato nelle regioni più remote del paese per stabilirsi qui e costruire una piccola città. Tu nel gioco Pixelmon Craft lo aiuterai in questo. Di fronte a te sullo schermo vedrai il tuo personaggio, che si trova in una certa posizione. A lato sarà visibile una piccola mappa con icone che indicano la posizione di varie risorse. Il tuo eroe dovrà visitare tutti questi luoghi e ottenere queste risorse. Quindi, utilizzando uno speciale pannello di controllo, inizierai la costruzione di vari edifici per le esigenze del nostro eroe. Puoi anche creare nuovi strumenti e armi.