Il regno dei ninja è ancora una volta inquieto: un antico male si è risvegliato nei sotterranei e la sua influenza si è diffusa tra gli abitanti del regno. I raccolti si seccano, le persone e gli animali si ammalano e questo riduce le casse. Nel gioco Kingdom of Ninja 2, il re ninja andrà di nuovo nei templi sotterranei per liberarli dalle creature del male. Inoltre, ogni apparizione di creature ultraterrene è accompagnata anche dal movimento delle casse con l'oro nei labirinti. Questo è un fenomeno strano, ma è stato osservato che una volta che tutti i tesori sono andati, i mostri si dissolvono. Questa è una coincidenza molto fortunata, perché in questo modo il re potrà ricostituire il tesoro e sostenere gli abitanti del suo stato. Andrai sottoterra con lui e lo aiuterai a superare tutti i test. Lo aspettano molte trappole, che appariranno dal poli e dal soffitto. Alcuni si muoveranno lungo i corridoi e dovranno manovrare con destrezza per evitare di scontrarsi con loro. Avendo incontrato i mostri, non provare a ingaggiarli in battaglia, poiché il tuo eroe è disarmato, è meglio per te sgattaiolare oltre di loro inosservato o semplicemente saltare e continuare per la tua strada nel gioco Kingdom of Ninja 2. Raccogli ogni singola moneta e il dungeon sarà di nuovo al sicuro.