Per qualche tempo, il regno dei ninja visse con calma e si sviluppò, furono costruite nuove città, la popolazione aumentò e poi cominciarono ad arrivare segnali allarmanti dalla periferia. La gente cominciò di nuovo a notare l'influenza delle forze oscure dei vecchi sotterranei. Quindi il re ninja quadrato deve scendere di nuovo nelle catacombe e ripulirle nel gioco Kingdom of Ninja 4. Tu e lui vi troverete all'ingresso del labirinto e lo aiuterete a superare i livelli uno dopo l'altro. Devi andare dalla bandiera rossa alla porta, ma per farlo dovrai usare la massima destrezza, perché ci sono molte trappole davanti a te. Saranno seghe rotanti, punte affilate, cannoni che sparano palle di cannone dai muri e molti altri. Devi manovrare abilmente tra di loro, saltare e muoverti verso l'obiettivo. I mostri verranno verso di te, ma non cercare di ucciderli, poiché il tuo eroe è disarmato, è meglio semplicemente aggirarli nel gioco Kingdom of Ninja 4: non ti inseguiranno. Raccogli cristalli preziosi, monete d'oro e apri scrigni del tesoro. Una volta raggiunto l'ultimo livello e raccolti tutti gli oggetti di valore, i mostri rimasti evaporeranno e non causeranno più problemi agli abitanti del regno.
