A Spider-Man accadono cose insolite a volte, e soprattutto ultimamente. Può andare a dormire a casa sua e svegliarsi in un posto completamente diverso. Questa è una specie di magia o super tecnologia, devi scoprirla prima che peggiori. Nel gioco Marvel Ultimate Spider-man Mystery City, tu e un super eroe vi troverete in una città misteriosa che non è sulla mappa. Molto probabilmente si trova in un universo parallelo. Spider-Man vuole capire come viene trasportato nello spazio e perché proprio qui. Per muoversi in città. È necessario saltare e atterrare esattamente sulle tessere blu, altrimenti l'eroe potrebbe essere ferito in Marvel Ultimate Spider-man Mystery City.
