Fino ad ora, Mario aveva a che fare solo con funghi malvagi, lumache e altri servi del suo eterno nemico Bowser. Ma questi sono solo fiori rispetto a quello che lo attende in Super Mario Commander. Un insidioso attacco dallo spazio è stato inaspettatamente effettuato sul mondo di Mario. Creature terribili e feroci, armate fino ai denti, hanno devastato il regno un tempo pacifico. Mario dovrà impugnare un'arma seria e interpretare il ruolo di un super eroe. E affinché abbia successo, aiuta l'idraulico a padroneggiare un nuovo ruolo per se stesso. È necessario ripulire le piattaforme dai pirati spaziali e riportare il mondo sulla terra in Super Mario Commander.
