Nel profondo della giungla vive un gorilla di nome Donkey che aiuta sempre i suoi amici. Una volta il nostro personaggio ha deciso di andare a trovare i suoi lontani parenti che vivono dall'altra parte della giungla. Tu nel gioco Super Donkey Kong 99 dovrai aiutare l'eroe in questa avventura. Il tuo personaggio sarà visibile sullo schermo di fronte a te, che, sotto la tua guida, avanzerà lungo il percorso, aumentando gradualmente la velocità. Lungo la strada, il tuo personaggio dovrà raccogliere banane e monete d'oro sparse ovunque. Dovrà anche superare varie trappole e ostacoli che incontreranno sulla sua strada.
