Da qualche parte in Siberia c'è una struttura segreta che produce armi che possono danneggiare l'umanità. È necessario scoprire se questo è vero e ottenere prove. Solo le spie possono farlo, e non quelle ordinarie, ma agenti di prim'ordine. Questi sono quelli che incontrerai nel gioco Swap Spies. I loro nomi sono Emma ed Emma, non stupitevi, questi non sono ancora i veri nomi degli eroi del fronte invisibile. Ma il compito che hanno ricevuto è difficile anche per loro, quindi gli eroi avranno bisogno del tuo aiuto. Guida uno di loro attraverso il labirinto a ogni livello. Per fare ciò, devi liberare il percorso per la spia, rimuovendo le scatole dal percorso e spostandole, o distruggendole completamente in Swap Spies.