In Ben 10: Brains vs Bugs dovrai aiutare un simpatico alieno verde a liberare i suoi amici rapiti. Di fronte a te, il tuo personaggio sarà visibile sullo schermo, che si troverà in una determinata posizione. Usando i tasti di controllo guiderai le sue azioni. Il tuo eroe dovrà percorrere un certo percorso, superando varie trappole e altri pericoli. Lungo la strada, raccoglierà monete d'oro e altri oggetti utili che ti daranno punti nel gioco Ben 10: Brains vs Bugs e potranno dare al personaggio vari tipi di bonus. Inoltre, il tuo personaggio dovrà combattere gli insetti che incontrerà sulla sua strada.