L'apocalisse può accadere per vari motivi, nel gioco Apocalypse Run aiuterai l'eroe che era al centro dell'apocalisse che apparve a seguito della rivolta delle macchine. L'intelligenza artificiale, il cui aspetto era così atteso e ammirato per il suo rapido sviluppo, ha deciso che ora non ha bisogno di persone. Inoltre, sono persino dannosi, perché fanno tutto male, spesso si comportano in modo irrazionale, distruggono l'ambiente e uccidono i loro simili. Nella mente della macchina si è formata una forte convinzione che l'uomo sia il principale male del pianeta e debba essere distrutto. Iniziò così la distruzione sistematica dell'umanità e l'eroe di Apocalypse Run vuole evitarlo e tu lo aiuterai a combattere i robot.
