Al giovane samurai è stato affidato un compito importante e vuole portarlo a termine il più velocemente e nel miglior modo possibile per mettersi alla prova e dimostrare che vale qualcosa. Non conoscerai lo scopo della sua missione, è riservato, ma in Samurai Run dipende da te se l'eroe raggiungerà il suo obiettivo. Per essere puntuale, l'eroe correrà tutto il tempo, senza guardarsi i piedi. Il tuo compito è impedire che cada in un buco o esploda su una bomba, che sarà molto presente sulle piattaforme. L'eroe non solo può correre veloce, ma anche saltare in alto e persino librarsi un po', grazie al suo mantello, usandolo come un paracadute. Quando atterri, assicurati che l'area sia libera da bombe e altri oggetti pericolosi in Samurai Run.