Mentre indagava su un altro caso, l'eroe del gioco Mystery Subway Escape 2, il detective Michael, ha trovato un ingresso segreto alle stazioni della metropolitana abbandonate. Poche persone li conoscono. Non stiamo parlando di tunnel tecnici, ma di stazioni che un tempo erano operative, ma che per un motivo o per l'altro si sono rivelate chiuse e non reclamate. Lì erano rimaste attrezzature, cose e oggetti che non venivano buttati perché potevano ancora essere utili. È lì che il nostro eroe cercherà le prove, e poi una via d'uscita, dato che la porta da cui è entrato era chiusa da qualcuno in Mystery Subway Escape 2. A quanto pare lo stavano osservando e hanno deciso di sbarazzarsi del meticoloso detective.
