Nel nuovo gioco Ninja vs Ninja, andrai nel mondo in cui vivono le persone della scatola. C'è una guerra tra i due ordini ninja e tu ti unirai a uno di essi. Il tuo personaggio è un uomo scatola rossa. Sarà nella stanza in cui il suo avversario è blu. Tra di loro si troveranno vari ostacoli e trappole. Dovrai guidare il tuo personaggio attraverso tutti questi pericoli e attaccare il tuo avversario. Usando varie armi da lancio distruggi il nemico e ottieni punti per questo.