I Pokémon sono tornati e li troverai nel gioco Monster Box mentre avanzi nei livelli. Il giocatore fungerà da allenatore, ma le tradizionali pokeball verranno sostituite con cubi, tuttavia contengono anche piccoli mostri. Al livello, per completarlo, devi sconfiggere il mostro. Oppure portalo alla boxe. Tieni presente che il colore della scatola deve corrispondere al colore del Pokémon. Se un altro mostro inizia ad attaccarti, lancia la scatola con il tuo mostro in modo che sconfigga l'avversario. Ogni livello avrà la sua situazione. In cui devi trovare la giusta soluzione per sconfiggere alla fine il tuo avversario e completare il livello nel Monster Box.
