Chiunque sia stato al mare deve aver visto le meduse. Queste sono creature gelatinose che nuotano nella colonna d'acqua, molte di loro pungono dolorosamente, quindi ai vacanzieri non piacciono troppo le meduse. Ma nel gioco Flappy Jelly aiuterai uno di loro e questa è una medusa completamente innocua, quindi deve nascondersi dai tanti nemici che tutti hanno nel mondo sottomarino. Nel frattempo, la medusa ha bisogno di nascondersi dalla tempesta che si sta avvicinando alla zona. Non vuole affatto uscire tra le onde, quindi ha deciso di nuotare più in profondità, ma è finita tra le rovine di un antico tempio. Aiuta le meduse a superare i pilastri di marmo che sporgono dalla parte superiore e inferiore della Flappy Jelly.